Škoda Auto vyrobila sedmimiliontý vůz značky Škoda v rámci skupiny VW

Zásadní změna přišla v roce 1996 s modelem Škoda Octavia, která se díky zajímavému poměru ceny a užitné hodnoty stále těší veliké oblibě zákazníků a dodnes se vyrábí pod označením Tour. V roce 2004 byl nejoblíbenější model Octavia zcela modernizován, zachovány byly karosářské verze Combi a liftback, stejně tak sportovní derivace RS, přibylo provedení Scout postavené na modelu Škoda Octavia 4x4. V říjnu roku 2008 představila automobilka její omlazenou verzi.

Dalším přelomovým modelem se stala Škoda Fabia představená na 58. ročníku mezinárodního autosalonu ve Frankfurtu v roce 1999. Vyráběla se celkem ve třech variantách. Mimo hatchback a combi také jako sedan. Druhá generace fabie zcela nahradila tu původní v roce 2007. Zákazníkům jsou k dispozici provedení hatchback a combi.

Od roku 2001 vstoupila Škoda Auto s modelem Škoda Superb do segmentu větších vozů. Vlajková loď české automobilky se dočkala svého nástupce v roce 2008 a přinesla mnohá originální technická řešení, například systém pátých dveří TwinDoor.

Modelovou paletu Škoda Auto rozšířil v segmentu malé MPV prostorný vůz Škoda Roomster, jehož výroba byla zahájena v roce 2006.

Nejčerstvější novinkou představenou na letošním mezinárodním autosalonu v Ženevě je Škoda Yeti, který je pátou modelovou řadou a s nímž automobilka vstoupí na půdu segmentu SUV letos v létě.